A Pró-Reitoria de Ensino do Instituto Federal do Triângulo Mineiro tem a responsabilidade de coordenar, acompanhar, fomentar e avaliar as atividades didático-pedagógicas, em articulação com os Campi e em consonância com as diretrizes emanadas do Ministério da Educação.

As principais metas da Pró-Reitoria de Ensino são: o aumento da qualidade do Ensino e a redução da evasão e da repetência.

Em sua composição estão duas diretorias específicas: Diretoria de Desenvolvimento de Ensino e Diretoria de Apoio Acadêmico, cada uma com suas coordenações.